武兎と一緒に神社のお守りを入れていても大丈夫ですか？

大丈夫です。
武兎と一緒に持っていてもお守りの中身が消えてしまう事はありません。
神社のお守りとは基本的に「上」の方がプログラムしてくれたものです。
武兎は強力な結界力を持っていますが、それを消すようなことはできません。

たとえ、なんでもかんでも吹き飛ばしてしまう程のパワーを持った消去が目的の昇氣を持ってしても、「上」が入れたものは消せないのです。
但し、わけのわからない輩が「入れた」と称するものは、昇氣はまっさらに消してしまいます。